لم يأت اختيار اسم الأمام جعفر الصادق (ع) عنوانا للجامعة محض صدفة او رغبة عابرة، بل جاء اختيار هذا الاسم المبارك لرسم أبعاد هوية الجامعة وتعميق أهدافها في نفوس العاملين والدارسين فيها، لان الجميع يعتقد أنّ الامام جعفر الصادق (ع) له دوره العلمي المؤثر، والثقافي الرائد في الحياة الإسلامية، كما يعترف علماء الإسلام على تأثيره الكبير في نشأة علم الفقه وتطوره على يد أئمة المذاهب، فضلا عن دوره الكبير في تأسيس العلوم الأخرى